Növényvédelmi szempontból a kukorica nem tartozik a különösen problémás kultúrák közé, mivel a kórokozók és kártevők többnyire nem okoznak benne jelentős kárt, azonban az egyes évjáratokban esetenként indokolt lehet a többszöri védekezés. A gyomszabályozás ugyanakkor minden évben kiemelt figyelmet igényel, mivel az elgyomosodás jelentős terméskiesést okozhat - olvasható a Nemzeti Agrárgazdasági Kamara (NAK) oldalán. Továbbá a gyomnövények segítik a kórokozók és kártevők felszaporodását, ami tovább fokozza a kártételt. Általában a T4-es fajok dominálnak, de a geofitonok (G) is sok problémát okozhatnak.  A korábbi vetésekben még a T3-as fajok is megtalálhatók. A herbiciddel történő gyomszabályozás meghatározó napjainkban, azonban a rezisztenciaproblémák, a folyamatosan szűkölő hatóanyag kínálat egyre több problémát okoz. Számos bevált technológia (például a terbutilazin dózisának csökkentése, S-metolaklór kivonása) helyettesítése jelentős nehézséget jelent, emiatt egyre jobban előtérbe kerülnek az agrotechnikai elemek (például a vetésidő, talajművelés, talaj-előkészítés) használata.

A herbicides kezeléseket a terület gyomflórája, a gyomnövények fejlettségi állapota határozza meg elsősorban, de úgy kell meghatározni, hogy a kultúrnövényt lehetőleg ne károsítsa. Az elmúlt években főként a posztemergens (kelés után) kezelések váltak meghatározóvá. Lehetőség van presowing (vetés előtti) és preemergens (kelés előtti) gyomszabályozási módszerek alkalmazására is. Ezek azonban kevésbé elterjedtek, mivel széles hatásspektrumú készítmények használata javasolt a korábbi évek gyompopulációjának megfelelően. Továbbá a csapadék egyenletlen elosztása miatt a preemergens készítmények bemosódása kérdéses. A posztemergens kezelések esetében már a csírázó gyomnövények ismeretében választható ki a megfelelő hatóanyag, sőt a nehezen írtható egyéves kétszikű gyomok (mint például selyemmályva, csattanó maszlag, napraforgó-árvakelés) ellen is csak a korai posztemergens kezelés lehet sikeres. Egyedüli hátránya, hogy ha a gyomnövény megfelelő fenológiai állapotában nem történik meg a kezelés, akkor a gyom-kultúrnövény kompetíció felerősödik. A termesztésben a glifozát mellett a szulfonil-karbamidok (mint a nikoszulfuron, rimszulfuron) talán a leggyakoribbak, de a hormonhatású hatóanyagok (így a 2,4-D, dikamba, fluroxipir) és a talajherbicidek (lásd dimetenamid-P, lufenacetet) is dominánsak.

A T4-es fajok az őszi tarlóhántási munkákkal jelentősen gyéríthetők, de a szártarackos (G1) gyomok tartalék-tápanyagai ezzel a művelettel is csökkenthetők. A tavaszi talaj-előkészítés során elsősorban a T2-es és T3-es fajok gyéríthetők, de jó hatás érhető el a korán sarjadó évelők (például mezei acat) ellen is. Mivel a kukorica gyakori előveteménye kalászos, a fűfélék is problémát okozhatnak. Csak vetés előtt lehetséges a mechanikai gyomszabályozásuk, később már csak az ALS gátlók (ilyen a nikoszulfuron, rimszulfuron) alkalmazhatóak eredményesen. A gyomok korai fenológiai fázisában alkalmazható a talajborítás, a gyomfésű és a kultivátor is. A műtrágyák ugyan a termésátlagra kedvező hatást gyakorolnak, de jelentősen befolyásolják a gyomflórát. A magas nitrogén hatására nő a terület összgyomborítottsága, és megnő a nitrogénigényes fajok (például fehér libatop, fenyércirok, tarackbúza) aránya is. A nagyarányú kálium és foszfor utánpótlás is kedvezhet néhány gyomfajnak (így a piros árvacsalán, fekete ebszőlő).